Джон Гэвин Малкович родился 9 декабря 1953 года, в городке Кристофер, штат Иллинойс, США. В школе Джон Малкович занимался музыкой. Учился в Восточно-Иллинойском университете, изучая экологию. В 1976 году Малкович с друзьями организовал чикагскую группу Steppenwolf Theater Company.
Дебют Джона Малковича на профессиональной сцене состоялся в 1978 году в труппе чикагского театра Steppenwolf Theatre. Они играли пьесу Сэма Шепарда «Проклятье голодающего класса» в Goodman Theatre. В течение семи лет Малкович работал в самых разных местах и при этом продолжал играть в театре — принял участие в более чем в 50 постановках. В 1984 году он выступил на Бродвее в спектакле «Смерть коммивояжера» совместно с Дастином Хоффманом. Во время работы на Бродвее Джон Малкович дебютировал в кинематографе в фильме «Места в сердце», за который был номинирован на «Оскар».
Одной из его лучших ролей в кино стал виконт де Вальмон в экранизации старинного романа «Опасные связи» (1988). Вскоре актера пригласил Бернардо Бертолуччи на главную роль в своем фильме «Под покровом небес» (1990), затем он сыграл изобретательного убийцу в боевике Вольфганга Петерсена «На линии огня». За эту работу актер удостоился второй номинации на «Оскар». В 1999 году он исполнил роль самого себя в нашумевшем фэнтэзи «Быть Джоном Малковичем». В 2008 г. снялся у братьев Коэнов в комедии «После прочтения сжечь». Несмотря на головокружительную карьеру в кинематографе, Джон Малкович продолжает выступать как театральный актер. Сегодня - Джону исполняется 58 лет!